Os fungos são um vasto grupo de organismos classificados como um Reino pertencente ao Domínio Eukaryota. Estão incluídos neste grupo organismos de dimensões consideráveis, como os cogumelos, mas também muitas formas microscópicas, como bolores e leveduras. Foram já descritas umas 70.000 espécies, mas talvez existam até 1,5 milhões de espécies, sendo que a maioria ainda está a ser identificada e descrita pelos micologistas (Hawksworth, 1991; Hawksworth et al., 1995). O Reino Fungi sofreu mudanças substanciais no arranjo dos vários filos nas últimas décadas, especialmente a partir do momento em que técnicas para comparar características bioquímicas (tais como RNA ribossômico e DNA) se foram tornando mais sofisticadas. A filogenia apresentada aqui segue a de Bruns et al. (1991, 1993) para os Eumycota (fungos verdadeiros) e reconhece quatro divisões: os Chytridiomycota, Zygomycota, Ascomycota e Basidiomycota.

Os fungos ocorrem em todos os ambientes do planeta e incluem importantes decompositores e parasitas. Fungos parasitas infectam animais, incluindo humanos, outros mamíferos, pássaros e insectos, com resultados variando de uma suave comichão à morte. Outros fungos parasitas infectam plantas, causando doenças como o apodrecimento de troncos e aumentando o risco de queda das árvores. A grande maioria das plantas vasculares têm associações simbióticas com fungos, a nível da raiz, ao que se dá o nome de micorrizas. Esta associação ajuda as raízes na absorção de água e nutrientes.

Alguns fungos, tais como: Shiitake, Porto Bello, Champignon, shimeji, Maitake e Mexican Corn Smut, são utilizados como alimento; outros são extremamente venenosos.