Como descobridores das minas, os paulistas, de certa maneira, consideravam a região da mineração como sua propriedade. Contudo, com a vinda de muitos forasteiros, a disputa de terras se acirrou.
Os emboabas, denominação dada aos ricos forasteiros (Principalmente baianos e portugueses), começaram a invadir grande parte das terras pertencentes aos paulistas, dando início ao conflito.
A guerra durou de 1708 a 1709 e apesar da resistência dos paulistas, eles foram praticamente expulsos das minas. O principal episódio desta guerra foi o "capão da traição", onde os paulistas foram encurralados e deixaram as armas em troca de terem suas vidas poupadas, mas foram, ainda assim, sumariamnte executados.
Com a intervenção de Portugal, porém, os paulistas, liderados por Borba Gato, obtiveram a fundação da Capitania de São Paulo e das Minas de Ouro, em 1711, que elevou a vila de São Paulo à categoria de cidade, provando sua importância.